经过小肠腔内和膜的消化，蛋白质被水解为可被吸收的氨基酸和小肽。以前认为只有游离氨基酸才能被吸收，现在发现小肽也可以被吸收。
整蛋白的吸收：
在低等动物,吞噬是摄入大分子的基本方式。而在高等动物中,只有在胚胎动物仍保持这种低级的原始机制。例如,母乳中的抗体可通过肠黏膜细胞的吞噬作用传递给婴儿。关于成年人对整蛋白吸收问题已有许多研究。
有人将胰岛素和胰蛋白酶抑制剂同时注入大鼠的隔离肠袢，发现可以引起血糖降低，说明有一部分胰岛素被吸收;人的血液中存在食物蛋白质的抗体，这说明食物蛋白质可进入血液而起抗原的作用。但一般认为,大分子蛋白质的吸收是微量的，无任何营养学意义，只是应当注意肠内细菌的毒素、食物抗原等可能会进入血液成为致病因子。
在低等动物，吞噬是摄入大分子的基本方式.而在高等动物，只有在胚胎动物仍保持这种低级的原始机制.
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