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蛋白质未经消化不易吸收,但有时某些抗原、毒素蛋白可少量通过黏膜细胞进入体内，会产生过敏、毒性反应。一般情况下,食物蛋白质水解成氨基酸及小肽后方能被吸收。由于唾液中不含水解蛋白质的酶,所以食物蛋白质的消化从胃开始,但主要在小肠。
蛋白质的胃内消化：
胃内消化蛋白质的酶是胃蛋白酶（pepsin)。胃蛋白酶是由胃黏膜主细胞合成并分泌的胃蛋白酶原（ pepsinogen）经胃酸激活而生成的;胃蛋白酶也能再激活胃蛋白酶原生成新的胃蛋白酶。胃蛋白酶的最适宜作用的pH值为1.5~2.5，对蛋白质肽键作用的特异性较差，主要水解芳香族氨基酸、蛋氨酸或亮氨酸等残基组成的肽键。胃蛋白酶对乳中的酪蛋白有凝乳作用，这对婴儿较为重要,因为乳液凝成乳块后在胃中停留时间延长,有利于充分消化。
蛋白质小肠内消化：
食物在胃内停留时间较短,蛋白质在胃内消化很不完全,消化产物及未被消化的蛋白质在小肠内经胰液及小肠黏膜细胞分泌的多种蛋白酶及肽酶的共同作用,进一步水解为氨基酸和肽。因此,小肠是蛋白质消化的主要场所。蛋白质在小肠内消化主要依赖于胰腺分泌的各种蛋白酶,可分为两类:①内肽酶可以水解蛋白质分子内部的肽键，包括胰蛋白酶、糜蛋白酶和弹性蛋白酶;②外肽酶可将肽链末端的氨基酸逐个水解,包括氨基肽酶和羧基肽酶。
肠黏膜细胞的刷状缘及细胞液中还存在一些寡肽酶，例如，氨基肽酶及二肽酶等。氨基肽酶从肽链的末端逐个水解释放出氨基酸，最后生成二肽。二肽再经二肽酶水解,最终生成氨基酸。
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