生物活性多肽按照来源可分为天然生物活性肽与人工合成生物活性肽两类，而天然生物活性肽又可分为内源性生物活性肽和外源性生物活性肽。
天然生物活性肽
天然生物活性肽是指由生物体自身合成的具有特定生理功能的肽，或利用酶解、发酵等方法从天然多肽蛋白质中制得的具有一定生理功能的肽片段。
1、内源性生物活性肽
是指人体自身的组织器官产生的对人体具有生理调节作用的肽类物质，涉及人体激素、神经、细胞生长和生殖各个领域。常见的例如内分泌腺分泌的肽类激素（促甲状腺激素、生长激素释放激素等），作为神经递质或神经活动调节因子的神经多肽，血液中的α-球蛋白经专一的蛋白酶作用后释放的组织激肽（缓激肽、血管紧张素等）等。此外，一些酶的激活因子也是多肽。
2、外源性生物活性肽
与内源性生物活性肽相对应，外源性生物活性肽并非人体自身产生，而是要通过口服等方式摄入人体方可发挥生理功能。依据制备方式，外源性生物活性肽可分为天然提取活性肽、蛋白质转化活性肽两类。天然提取活性肽是指由于动物、植物和微生物代谢而天然产生于其体内，经过特殊提取分离工艺即可直接得到的一类生物活性肽。特别是从微生物中提取的活性肽，往往具有抗菌和抗癌活性，现已发现200多种微生物源肽类抗生素。但是，从天然生物体内直接提取也面临活性肽含量低，提取分离工艺复杂、成本高等缺点，特别是某些生物原料（海洋生物等）较为稀缺，难以实现产业化。蛋白质转化活性肽是指利用动物、植物、微生物等组织中的蛋白质，通过胃蛋白酶、胰蛋白酶、碱性蛋白酶等酶解或酸解，或者利用微生物发酵产酶直接进行酶解，而获得蛋白质水解片段，经分离纯化而制得的一类活性肽。常见水解原料包括乳、畜产、水产、大豆等。蛋白转化活性肽凭借原料广泛易得，很多还可利用皮、骨、内脏等加工废弃物，肽的得率产量较高等优点，成为生物活性肽研究的热点，不少功能肽也已实现产业化。
依据肽的原料来源，外源性生物活性肽又可分为动物源、植物源、微生物源活性肽等。值得注意的是，这里的动物源活性肽既包括从天然动物组织中直接提取得到的天然提取活性肽，也包括水解动物源蛋白方式获得的蛋白转化活性肽。同理，植物源、微生物源等来源的活性肽也包括天然提取和蛋白质转化两类。按照制备方式分和按照原料分两种分类方式有相互交叉。生物活性肽的众多来源中，水生生物凭借资源丰富、生理结构与生理过程与陆生生物差别较大的特点，成为外源性生物活性肽资源的宝库。目前研究的水生生物活性肽，原料涉及肌肉、各种内脏、皮肤鳞片、骨骼等各方面，发现了一系列具有抗氧化、降血压、抗肿瘤等生理功能的活性肽。
人工合成生物活性肽
人工合成活性肽主要包括化学合成和DNA重组技术两种方法生产的多肽。化学合成法简单可理解为一个按顺序连接氨基酸的过程，因此它要求事先知道目标肽的氨基酸序列。其发展主要受到反应副产物往往过多、环境不友好、产率过低、反应底物和试剂价格过高等缺点的制约。由于成本较高，该方法一般多用于合成短链肽和实验室研究。DNA重组技术即利用基因工程的方法，将待合成的目标肽的遗传密码（基因）导入宿主细胞基因组中，借助宿主的遗传和表达系统不断合成目标肽分子。因此，该方法也要求事先知晓待合成目标肽的一级结构。DNA重组技术在方法建立过程中十分复杂，优点是一旦方法建立，便可借助微生物发酵廉价底物，通过发酵工程大量生产活性肽药物等产品。
复合小分子肽主要成分：人参（五年以下人工种植）、牛骨髓肽、海洋鱼低聚肽、牡蛎肽、地龙蛋白肽、苦瓜肽、纳豆粉、菊粉
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