纳豆是以大豆为原料，经纳豆芽孢杆菌发酵而成。目前含有纳豆原料保健食品主要功能为：辅助降血脂，增强免疫力，抗氧化，辅助降血压。“纳豆，起源于中国古代，自秦汉（公元前221年-公元220年）以来开始制作，由黄豆通过纳豆菌（枯草杆菌）发酵制成豆制品，具有黏性，气味较臭，味道微甜，不仅保有黄豆的营养价值、富含维生素K2、提高蛋白质的消化吸收率，更重要的是发酵过程产生了多种生理活性物质，具有溶解体内纤维蛋白及其他调节生理机能的保健作用。富含多种营养素，常吃可以预防便秘、腹泻等肠道疾病，提高骨密度，预防骨质疏松，还可以双向调节血压，溶解陈旧血栓斑块，调节血脂，能消除疲劳，综合提高人体免疫力。”
纳豆具有很高的营养价值，其蛋白质、纤维素、钙、铁、维生素Ｂ2、维生素ＰＰ、维生素Ｅ的含量均高于蒸煮大豆，特别是维生素Ｂ2的含量比蒸煮大豆高6倍以上。如果将纳豆与鸡蛋、牛肉作比较，100ｇ纳豆的蛋白质含量相当于3个鸡蛋或80ｇ牛肉。纳豆中氨基酸含量也非常丰富。纳豆还含有其他食品所不含有的纳豆菌和各种生物酶，如蛋白酶、淀粉酶、脂酶、纤维素酶等。因此，将大豆加工成纳豆后其营养价值倍增。纳豆不仅营养丰富，它还有预防疾病和保健的功能。纳豆菌在20世纪中期被发现并分离出，它不仅具有分解蛋白质、糖类、脂肪等大分子物质的功能，使发酵产品富含氨基酸、有机酸、寡聚糖等多种易被人体吸收的成分，而且还发现纳豆中一些生理活性物质使纳豆具有多种保健功能。
预防高血压、降血糖、降低胆固醇
纳豆脂质中亚油酸占全脂质的５０％，有报道亚油酸能降低血浆中的胆固醇含量，有预防动脉硬化、心脏病和高血压的功效，故纳豆具有降低胆固醇的作用。
纳豆降血糖的原理,纳豆具有降血糖的功效。纳豆菌吞噬葡萄糖和粘物质的作用，纳豆中的高弹性蛋白酶，抑制了血糖增加。
日本帝国大学林右市等，对纳豆预防高血压的效果进行实验。研究表明，成品纳豆中含有降血压作用的血管紧张肽转化酶抑制剂，这种物质存在于纳豆中，但以纳豆表面的黏稠物质中含量更多。
溶解血栓
日本富崎医科大学须见研究发现，纳豆及纳豆 的生理盐水浸提物能够直接溶解纤维蛋白，是一种具有溶栓活性的酶制剂。该酶能强烈溶解血栓，定名为纳豆激酶（ｎａｔｔｏｋｉｎａｓｅ）。它由２７５个氨基酸残基组成，相对分子质量在２７ ０００左右，无毒、无副作用，是一种中性丝氨酸蛋白酶。随后，须见又将纳豆激酶用于健康人群的体内研究，证明它除有显著溶栓作用外，还有促进静脉内皮细胞产生纤溶酶原激活剂能力，从而间接表现其溶栓活性。实验表明，每日食用纳豆可以起到预防血栓类疾病的作用，最好是在晚饭时食用。原因是血栓类疾病如心肌梗死等往往是在上午发作，纳豆激酶在进入人体２～８ ｈ内血栓溶解的速率比较高，所以晚饭时食用有助于预防次日上午心肌梗死的发作。据报道，有心肌梗死危险的患者，一次需投入尿激酶３０万单位，而５０ｇ纳豆中含有８０万单位尿激酶溶解血栓的作用。同其他溶血栓药物如尿激酶、蚓激酶、链激酶和组织型纤溶酶原激活剂等相比，纳豆激酶具有以下优点：
（１）属于食源性激酶，无抗原性，无毒副作用，长期服用安全可靠，在体内半衰期长；
（２）相对分子质量小，更易为人体吸收；
（３）可经口服被肠黏膜吸收，是口服性溶血栓的药物；
（４）直接作用于纤维蛋白，而不象尿激酶等现有药物，是纤溶酶原的激活剂，作用迅速；
（５）可以利用细菌发酵生产，造价低廉。
调节肠道
大豆中约有２８％糖类，其中２／３是半纤维素、纤维素和木质素等膳食纤维。这些食膳纤维在食用后可防止便秘、预防大肠癌和直肠癌、还可起到防止甘油三酯增加和降低血清胆固醇等作用。此外，纳豆菌食用后，在肠中生长，作为营养体能在肠内生活几周，分泌多种酶和维生素，可促进小肠黏膜细胞增生，纳豆菌进入肠内，还可抑制引起肠内异常发酵和痢疾等腐败菌，促进乳酸菌等益生菌的增殖，调节肠内微生态平衡，预防痢疾、肠炎和便秘等，保证肠功能的正常活动。
促消化纳豆菌不产生毒素，是人体无病原性的安全菌球。它能分泌淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶、纤维素酶和脲酶等多种酶类。这些生物酶作为消化酶能够有效地发挥作用，有助于消化吸收，使纳豆不仅保持了大豆几乎不含胆固醇及脂肪酶含量高，营养均衡的优点，且大大提高大豆的消化率，使大豆蛋白质消化率由原来的５０％提高到８５％以上。，纳豆的消化率仅次于豆腐。
抗菌
早在第二次世界大战期间，纳豆菌对于霍乱、伤寒菌和赤痢菌的抗菌效果就有过报道。研究表明，纳豆菌可产生许多抗菌物质，如杆菌肽、多黏菌素、２，６吡啶二羧酸等，对细菌、酵母和霉菌均具有一定的抗菌活性，具有抑制沙门菌、伤寒菌、痢疾菌及Ｏ１５７、Ｈ７大肠杆菌等致病菌的作用，还可灭活葡萄球菌肠毒素。在抗生素使用前民间长期用纳豆治疗痢疾、伤寒等消化道疾病，常食纳豆可起到壮体防病作用。通过接种纳豆菌的动物实验发现，纳豆可以提高机体的抵抗力，还可以诱发机体干扰素的生成，增强机体的免疫力。纳豆也正由于具有这些抗菌物质，才会在充分发酵后不易腐烂。
抗癌
纳豆还具有防治癌症的功效。许多研究都证实，纳豆的原料——大豆中含有多种抗癌质，除了酚类、黄酮类之外，还富含膳食纤维以及硒，可预防乳腺癌、前列腺癌、皮肤癌、肾癌、尿道癌、大肠癌等。纳豆除了含有多种抗癌成分外，纳豆菌本身也可有效地破坏或杀死癌细胞，并可刺激免疫系统诱发干扰素产生，起到抑制癌症的功效。
抗氧化、延缓衰老
从纳豆和未经发酵的大豆（ＳＳＢ）的对比实验可见，纳豆显示了比ＳＳＢ高得多的抗氧化性，它可抑制脂肪氧化达９１％，而后者只能抑制１３％，这可能与纳豆中含有的抗氧化物质，如异黄酮和á-生育酚（维生素Ｅ）有关。另外，纳豆对由过氧化物所引起的细胞伤害也有疗效。并且无论是对不饱和脂肪酸 如亚油酸、亚麻酸，还是对受伤细胞，纳豆的抗氧化作用都等同于甚至好过á-生育酚的效果。最新报道，纳豆中水溶性低分子质量粘性物质可防止动脉硬化，降低脂类过氧化反应，加强脂类代谢。
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